مشاهده‌های تاریخی و عکس‌های اولیه لکه سرخ بزرگ سیاره مشتری نشان می‌دهند که این پدیده جوی در گذشته بسیار عریض‌تر از حالت فعلی بوده است. اولین ثبت عکاسی از این لکه توسط ستاره‌شناس ایرلندی آگنز مری کلرک در سال ۱۸۷۹ انجام شده و آن را به صورت یک بیضی مسطح با عرض تقریبی چهل هزار کیلوم‌تر توصیف کرده که دو برابر عرض طوفان‌های دایره‌ای جاری زمین است.
تحول شکل و اندازه لکه سرخ بزرگ در طول یک و نیم قرن گذشته به طور چشمگیری رخ داده است. محققان با استفاده از مدل‌های عددی گاز‌های جوی مشتری و حل معادلات پیچیده سیال، حرکت و تغییرات این لکه را در طول قرن‌ها شبیه‌سازی کرده‌اند. نتایج پژوهش نشان می‌دهد که لکه‌ای که کاسینی و دیگران در قرن هفدهم دیده بودند، یکسان با لکه سرخ بزرگ امروزی نیست و شدت رشد عرضی این دو پدیده سازگاری ندارد.
تحقیقات مختلف مکانیزم‌های شکل‌گیری را بررسی کرده‌اند. ادغام طوفان‌های کوچک‌تر فرآیندی رایج در جو مشتری است، اما حتی ادغام چهار یا پنج طوفان نمی‌تواند سیستمی به گستردگی لکه سرخ بزرگ ایجاد کند. همچنین هیچ‌کدام از این طوفان‌ها در سال‌های ۱۷۱۳ تا ۱۸۳۱ رصد نشده‌اند. مکانیزم دیگر، ابرطوفان یا فرا‌چاهش مواد گرم از اعماق سیاره است، اما شبیه‌سازی‌ها نشان می‌دهد که این فرآیند نیز نمی‌تواند به شکل و اندازه فعلی لکه سرخ بزرگ برسد.
محققان به نتیجه رسیده‌اند که عامل اصلی شکل‌گیری لکه سرخ بزرگ، اختلال حاره‌ای جنوبی در نوار‌های جوی مشتری بوده است. وقتی جریان گازی در یکی از نوار‌ها به سمت شمال یا جنوب گسترش می‌یابد و وارد نوار مجاور می‌شود، می‌تواند مانع جریان نواری مجاور شده و یک چرخه طوفانی بینجامد به ابعاد عظیم ایجاد کند. این مکانیزم می‌تواند عامل تحول مداوم شکل و اندازه لکه سرخ بزرگ نیز باشد.
بر اساس یافته‌های پژوهش، لکه سرخ بزرگ فعلی در سال ۱۸۳۱ به عنوان یک موجودیت جداگانه از لکه‌های پیشین ظهور کرده است. بنابراین عمر این لکه به ۱۹۳ سال می‌رسد. با این حال، از سال ۲۰۱۰ کاهش ابعاد لکه شدت گرفته است و مشخص نیست که تا چه زمانی به حیات خود ادامه خواهد داد. ستاره‌شناسان آینده احتمالا شاهد یک مشتری بدون لکه سرخ بزرگ خواهند بود، اگرچه سیاره مشتری همواره پویاست و لکه‌های جدید می‌توانند جای آن را بگیرند.